氯化十二烷基二甲基苄基铵是一种阳离子表面活性剂，具有杀菌、柔软、抗静电等多种功能，因此在多个工业领域有广泛应用。

在纺织工业中，它主要用作腈纶纤维和织物的匀染剂、柔软剂、抗静电剂以及乳化剂，能改善纺织品的手感和加工性能。

在水处理领域，作为非氧化性杀菌灭藻剂，广泛应用于石油、化工、电力等行业的循环冷却水系统，粘泥生长，对硫酸盐还原菌有 ，同时具有粘泥剥离和缓蚀作用。 此外，在饮用水净化和工业废水处理中也能高效去除微生物和有机污染物。

在消毒杀菌方面，可用于医疗器械、医院、食品工厂设备、公共设施等的消毒，对 等病原体也有一定的灭活作用。

其他应用包括作为油田注水杀菌剂、食品加工设备消毒剂，以及在造纸、皮革等行业中作为杀菌防霉剂。